研究院設院長1人、副院長4人，院長由湖南大學黨委書記鄧衛(wèi)擔任，副院長分別由湖南大學、中南大學、湘潭大學、湖南農業(yè)大學選派代表擔任。研究院設立專家委員會和秘書處，其中，秘書處下設3個職能部門以及4個研究基地。湖南省商務廳為共同建設單位，商務部西亞非洲司等相關職能部門為業(yè)務指導單位。

（一）專家委員會

專家委員會是研究院的“專家?guī)臁迸c“智囊團”，旨在整合國際國內資源，匯聚“知非派”人才力量，吸納政府、企業(yè)、商協(xié)會、金融機構等各方力量，委員主要由國內外對非合作領域的知名專家學者、政府要員、企業(yè)高管構成，負責支持研究院建設發(fā)展，審議研究院的發(fā)展規(guī)劃、咨詢論證、專題研討以及重點研究提出咨詢建議。專家委員會委員聘期為三年。

專家委員會設主任1人，主要負責統(tǒng)籌安排委員會內部相關工作。專家委員會設多位不同領域的首席專家，主要負責召集專家委員會會議，組織專家顧問定期對研究院相關項目進行跟蹤調查，選聘不同領域專家及時補充專家委員會委員。對中非經貿領域的突發(fā)性重大問題，首席專家應積極組織專家委員會委員進行會商，提出應對方案和解決措施。

（二）秘書處

秘書處是研究院的核心運作部門，統(tǒng)籌各研究基地的相關事務，負責日常營運管理、對外交流合作以及課題項目管理等。

秘書處設立秘書長1人、副秘書長5人。首任秘書長由湖南大學許和連教授擔任，副秘書長分別由湖南省商務廳、湖南大學、中南大學、湘潭大學和湖南農業(yè)大學相關代表擔任，其中中南大學、湘潭大學和湖南農業(yè)大學的副秘書長兼任研究基地主任。秘書處建立聯(lián)絡員機制，各研究基地選派聯(lián)絡員1人，負責與秘書處對接日常事務。秘書處下設辦公室、交流合作部和項目管理部等三個職能部門。各職能部門招聘配備專職工作人員1-2人，主要面向社會擇優(yōu)招聘。

1. 職能部門

辦公室：承擔研究院日常管理、科研輔助、宣傳推廣等內部管理職能。包括中非經貿合作相關新聞動態(tài)的采集與發(fā)布，學術交流動態(tài)、項目以及成果的發(fā)布，撰寫研究院年度總結報告，網(wǎng)站平臺日常維護等工作。

交流合作部：負責征集研究課題、開展學術交流及對外交流考察等合作職能。包括與相關專家、政府、企業(yè)、國外智庫等進行銜接，為中非經貿領域的項目立項及其相關咨詢活動提供支撐；協(xié)調組織非經貿合作領域的學術會議、教育培訓等。

項目管理部：針對具體項目類型，協(xié)調組織各研究基地或專家委員會成員組建研究團隊開展研究；負責研究院公益性和非公益性科研項目發(fā)布；設立項目考核制度，重點從課題分配、資金撥付、成果驗收、績效激勵等方面加強對研究基地管理；組織召開項目成果驗收評審等。

2. 研究基地

研究基地是研究院具體開展智力活動的重要抓手，具體承擔中非經貿合作研究領域的公益性和市場化的課題研究、人才培養(yǎng)、社會服務等。按照秘書處的統(tǒng)一指導調度，各研究基地負責成接課題項目。各研究基地設基地主任1名，負責統(tǒng)籌安排研究團隊開展常態(tài)化公益性課題及重大課題研究研究。

圍繞中非合作的重點議題和關鍵領域，結合省內對非研究的主要力量，研究院分別在湖南大學、中南大學、湘潭大學、湖南農業(yè)大學設立四個研究基地。其中，湖南大學中非經貿合作研究基地是核心。湖南大學、中南大學、湘潭大學、湖南農業(yè)大學各選派1名聯(lián)絡員，負責與秘書處溝通協(xié)調。